มะละกอเป็นพืชที่มี 3 เพศ แยกออกจากกัน คือ 1) มะละกอต้นตัวผู้ 2) มะละกอต้นตัวเมีย และ 3) มะละกอต้นกระเทย
1) มะละกอต้นตัวผู้จะมีเฉพาะดอกตัวผู้ (Stamnate) เพียงอย่างเดียว มีลักษณะช่อดอกยาวแตกแขนง ดอกบนช่อเป็นดอกสมบูรณ์เพศที่มีอวัยวะเพศเมียแต่ไม่ทำหน้าที่ ช่อดอกสามารถนำมาลวกรับประทานเป็นผักได้
2) มะละกอต้นตัวเมีย ให้ดอกตัวเมีย (Pistillate) เพียงอย่างเดียว โดยดอกตัวเมียมีลักษณะค่อนข้างป้อม ข้างในมีรังไข่ค่อนข้างกลมป้อมคล้ายผลมะละกอขนาดเล็กซ่อนอยู่ภายใน เมื่อติดผลจะให้ผลลักษณะกลมป้อม เนื้อผลค่อนข้างบาง จึงไม่ค่อยนิยมนักเมื่อเปรียบเทียบกับต้นกะเทย
3) มะละกอต้นกะเทย ให้ดอกสมบูรณ์เพศ (Elongata) โดยอาจจะประกอบด้วยดอกตัวผู้และดอกสมบูรณ์เพศในช่อดอกเดียวกันก็ได้ แต่ดอกสมบูรณ์เพศจะมีลักษณะเรียวยาวมากกว่าดอกมะละกอต้นตัวเมีย เมื่อติดผลจะให้ผลรูปทรงยาว และมีเนื้อหนา ทำให้เกษตรกรเลือกปลูกต้นกะเทยเท่านั้น
โดยทั่วไปจะทราบว่ามะละกอต้นใดเป็นประเภทใดก็ต่อเมื่อออกดอกแล้ว แต่เกษตรกรที่เชี่ยวชาญก็จะทราบได้ก่อน เช่น หากมีใบใหญ่หนา ต้นกลมใหญ่และมีรากแขนงออกด้านข้างเยอะแสดงว่าเป็นมะละกอต้นตัวเมีย เป็นต้น ดังนั้นในระยะหลังจึงมีการทำมะละกอเสียบยอด เพื่อให้ได้ต้นกล้ามะละกอที่เป็นต้นกะเทยแทน
ความซับซ้อนของพืชชนิดนี้คือ ต้นมะละกอต้นกะเทยสามารถเปลี่ยนแปลงไปเป็นแบบอื่นได้ ถ้าพบกับสภาพอากาศร้อนจัด หนาวเย็น หรืออากาศชื้น ดังนั้นมะละกอจึงเป็นพืชอีกชนิดหนึ่งที่จะได้รับผลกระทบจากการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศ
